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L’Institut de recherche en médecine translationnelle et maladies hépatiques (Institute for Translational Medicine and Liver Disease, ITM), basé à Strasbourg, est une unité mixte placée sous la co‑tutelle de l’Université de Strasbourg et de l’Inserm.
Dédié aux maladies hépatiques et au cancer du foie, l’ITM est un laboratoire de référence dans la compréhension des mécanismes biologiques de ces pathologies et le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques, allant de la recherche fondamentale à l’application clinique.
L’institut se distingue par ses plateformes technologiques avancées, son riche réseau de collaborateurs, tant cliniques qu’internationaux, et son fort potentiel d’innovation (publications scientifiques, brevets, etc.).
Inserm UMR_S1110
Institut de Médecine Translationnelle et maladies hépatiques
Directeur: Pr. Thomas Baumert
Adresse: 3 rue de Koeberlé, Strasbourg
Mission principale:
Le/la bioinformaticien·ne recruté·e travaillera au sein du projet Delta-DECODE, financé par l’ANRS, qui vise à déchiffrer les interactions entre le virus de l’hépatite Delta (HDV) et le microenvironnement hépatique. Ce projet repose sur une large cohorte de biopsies hépatiques de patients, et utilise des approches de pointe : RNA-seq bulk, single-cell transcriptomics et transcriptomique spatiale à haute résolution.
La mission consistera à développer et mettre en œuvre des pipelines bioinformatiques pour le traitement et l’intégration de ces données, à identifier des signatures moléculaires liées à la progression de la maladie et au pronostic, et à contribuer à leur valorisation scientifique au sein d’un consortium multidisciplinaire associant cliniciens, biologistes, biostatisticiens et partenaires nationaux et internationaux.
Activités principales:
Traitement et analyse de données RNA-seq (bulk, single-cell et spatiale).
Développement/adaptation de workflows bioinformatiques (QC, alignement, clustering, analyse différentielle, pathway analysis).
Intégration des données omiques avec les données cliniques.
Gestion et organisation des données.
Collaboration avec les équipes de Strasbourg, Henri Mondor et partenaires internationaux.
Contribution aux publications scientifiques.
