DevOps Engineer - Medical Imaging Data - Paris

short term contract
Paris
40000 - 55000€ (Annual)
Posted on 01-31-2022

Assistance Publique - Hôpitaux de Paris - DSI

Réaliser les projets digitaux innovants au sein de l’hôpital.

More informations
  • Website
  • Unknown
  • Between 50 and 250 employees
  • Others
Read more

Avec ses 800 services hospitaliers couvrant 84 spécialités et avec plus de 4 000 projets de recherche en cours, l’AP-HP est une institution reconnue dans le monde médical pour la qualité et la compétence de ses professionnels de santé, exerçant dans nos 39 hôpitaux.
Travailler à l’AP-HP c’est poursuivre un intérêt général dans un grand service public et venir en appui nos 100 000 professionnels pour que soit assurée la meilleure prise en charge possible des 10 millions de patients par an qui sont accueillis dans nos hôpitaux.
L’AP-HP est le 1er Groupe Hospitalo-Universitaire européen et fait partie des 3 plus importants groupes hospitaliers mondiaux.
Nos équipes participent directement à l’effort de consolidation de ce haut niveau d’excellence médicale. Pour cela, chaque collaborateur de la Direction des Systèmes d’Information de l’AP-HP s’engage à :

  1. s’investir quotidiennement pour atteindre ses objectifs placer son intégrité et celle de l’institution au premier plan,
  2. travailler en équipe,
  3. fournir le meilleur service pour nos utilisateurs finaux qu’ils soient professionnel de santé ou patient,
  4. faire preuve de diplomatie en toute circonstance,
  5. respecter sans condition les règles de confidentialité inhérentes à nos activités.

La Direction des Systèmes d’Information :

  1. Intègre des logiciels/progiciels,
  2. Développe des applications,
  3. Teste et qualifie des produits,
  4. Développe des méthodes et outils de traitement de données massives,
  5. Construit des architectures et assure une urbanisation optimale des applications informatiques,
  6. Pilote des infrastructures complexes : serveurs, stockage, réseaux de haute performance.

Ce que vous ferez dans notre équipe contribuera directement au bon fonctionnement de l’AP-HP pour assurer notre Priorité N°1 : fournir le meilleur service à nos patients et nos professionnels !


La mission de votre équipe

Afin de permettre le développement de projets de recherche innovants, en particulier dans le domaine de l’intelligence artificielle, l’AP–HP a mis en place une plateforme Big Data, infrastructure informatique propre, intégrant des capacités de stockage et de calcul pour l’exploitation sécurisée et performante des données de santé dont elle est dépositaire. Cette plateforme héberge notamment l’entrepôt de données de santé (EDS) de l’AP-HP.

L’Entrepôt de Données de Santé (EDS) de l’AP-HP intègre des données administratives et médicales de plus de 8 millions de patients hospitalisés ou venus en consultation au sein des 39 établissements de l’AP-HP (20 millions de dossiers médicaux, plus de 10 millions de diagnostics, 181 millions de résultats de laboratoires…). Cet entrepôt permet d’améliorer le pilotage de l’activité hospitalière et de faire avancer la recherche scientifique dans le domaine de la santé en favorisant la réalisation d’études sur données, la mise en place d’essais cliniques et le développement d’algorithmes d’aide à la décision.

La Plateforme Big Data de l’AP-HP compte actuellement +20 machines pour le cluster Hadoop (15To RAM, +1500 Cores, 1.8Po d’espace disque), de machines GPU (16 V100, 24 P40 Nvidia), de dizaines de machines dédiées aux environnements Jupyter pour l’analyse de données, et de nombreuses autres machines applicatives.

Votre équipe, le domaine « Plateforme Big Data », a pour mission l’intégration des données de santé massives et complexes (données structurés, textes, imagerie radiologique, lames anapath numérisées, voix, signaux physiologiques, etc.) et leur utilisation à grande échelle, de manière performante, ergonomique et sécurisée dans le respect des principes et règles de gouvernance des données définis par l’AP-HP. Dans le domaine de l’imagerie médicale, les images sont majoritairement produites dans les plus de 20 services de radiologie de l’APHP et stockés dans un PACS Centrale APHP, géré par le pôle imagerie de la DSI.

Vos missions

L’équipe Imagerie de la plateforme BigData est en charge de la collecte et de la mise à disposition des données d’imagerie. Elle accompagne les projets de recherche en imagerie médicale, en participant à l’élaboration du plan de gestion de la données et en mettant en place l’ensemble des ressources et outils nécessaires à sa mise en oeuvre. Dans ce contexte, l’équipe réalise le développement de solutions spécifiques et ouverts comme le serveur PACS SPHERE (https://github.com/aphp/SPHERE) ou des logiciels de dé-identification, d’analyse des données, de transformation de formats, etc. L’équipe est aussi impliquée dans plusieurs projets de co-développement et d’intégration d’outils d’IA pour annoter automatiquement des images médicales (https://www.aphp.fr/actualite/lap-hp-et-imageens-creent-un-modele-de-collaboration-pour-la-structuration-et-la).

En tant qu’ ingénieur devOps/dataOps vous aurez pour mission de faciliter l’industrialisation, la conteneurisation, la création de tests pour différents applicatifs et outils d’exploitation de données. Au sein de l’équipe techniques vous serez amené à participer aux développement de solutions logiciels internes, à l’intégration de logiciels externes de type open-source ou au déploiement d’outils mis à disposition par des partenaires.

En tant qu’ingénieur dev/Ops avec une double compétence en imagerie médicale, vous :

  • Développerez, industrialiserez et maintiendrez les flux d’intégration et d’exploitation des données d’imagerie médicale au travers d’outils codé en python ou pyspark
  • Participerez activement à la transition d’applicatifs vers une plateforme Kubernetes
  • Définissez et vérifiez le respect de notre cadre technique de conteneurisation (docker) ;
  • Réaliserez, en collaboration avec les data egineers, la conteneurisation de traitements de données ;
  • Participerez à l’architecture de la plateforme EDS en proposant des solutions pour son amélioration et son évolution
  • Contribuerez au bon fonctionnement de la plateforme et des outils existants à travers sa maintenance et l’utilisation d’outils de monitoring
  • Contribuerez à renforcer la sécurité de la plateforme et à la mise en place de bonnes pratiques
  • Participerez à la mise en place d’outils de suivi et de monitoring de la plateforme
  • Mettrez en place des accès sécurisés et monitorés de bout en bout pour l’accès aux outils de l’EDS (HTTPS, VPN, authentification, AD-LDAP, OpenID, Kerberos…)
  • Réaliserez une veille technologique dans votre domaine d’activité
  • Documenterez les solutions mis en oeuvre
  • Proposerez des séances de formation/transfert de compétences au sein de l’équipe technique de la plateforme
Profile

Vous avez un savoir faire dans un de ces domaines :

  • Vous maitrisez et utiliser les solutions de containerisation : Docker, Kubernetes
  • Vous maitrisez les systèmes d’exploitation serveur UNIX
  • Vous maitrisez les méthodologies DevOps et les outils associés (logging, métriques, grafana, influxdb …)
  • Vous maitrisez des langages de programmation suivants :

    • Python
    • Scala / Java (appréciée)
  • Vous avez de bonne connaissance sur les base de données :.)

    • distribuées (HIVE, HBase, etc.)
    • relationnelles (PostgreSQL, Oracle, etc)
  • Vous avez de bonne connaissance du traitement des données massives et des technologies Big Data dont :

    • Spark
    • Hadoop
    • HDFS
    • CEPH (appréciée)
    • Kafka (appréciée)
  • Vous avez de bonne connaissance des outils de workflow/orchestration de pipeline (airflow, dagster …)
  • Vous avez des connaissances sur les différents formats de stockage suivants :

    • Avro
    • Parquet
    • ORC
    • SequenceFile
  • Vous des connaissances des librairies de traitement d’image (pydicom, itk, vtk, scikit, pil, pytorch …)
  • Vous avez des connaissances en méthodes de développement logiciel (Méthodologie agile, qualification, recette, mise en production, maintenance opérationnelle, pilotage, …)

Idéalement, vous..

  • Connaissez les standards en imagerie médicale (DICOM, HL7-FHIR, OMOP, …)
  • Avez des connaissances des bonnes pratiques de sécurité informatique et de la réglementation informatique et libertés
  • Adhérez aux valeurs du service public et vous avez un intérêt prononcé pour le domaine de la santé
  • Avez un niveau d’anglais courant

Et humainement ?

  • Capacité à appréhender des enjeux liés à la recherche, à l’analyse de données et aux technologies de machine learning/deep learning, notamment dans le domaine de la santé (santé publique, imagerie médicale, épidémiologie, …)
  • Esprit d’équipe et la volonté de prendre part à une aventure collective
  • Sens de l’écoute, du résultat et de la qualité
  • Des qualités d’autonomie, de flexibilité et de responsabilité
  • Curieux, rigoureux, dynamique et créatif, avec un réel envie de faire preuve d’innovation
  • Être ouvert aux nouvelles technologies dans votre domaine